Stiftelsen Skandinavisk teologisk högskola har två institut som är organisatoriskt fristående, men som samverkar för att underlätta för studenterna:
STH:s teologiska fakultet
STH:s teologiska fakultet, som organisatoriskt lyder under Skandinavisk teologisk högskola AB. Detta är den akademiska verksamheten med dels Bachelor i teologi, dels med två forskningsinstitut: Institutet för judiska studier och Skandinaviskt institut för pentekostala studier.
STH Ledarskapsinstitut
STH Ledarskapsinstitut, som organisatoriskt lyder direkt under stiftelsen. Här drivs Församlingsledarutbildningens pastorala del. Man kan studera vid teologiska fakulteten utan att ta del av STH:s Ledarskapssinstitut.
